Organisaatio

YTHS:n toimielimiä ovat valtuuskunta, hallitus ja palvelualueiden johtokunnat. Vastuu toiminnasta on hallituksella. Säätiön operatiivisesta johtamisesta vastaa toimitusjohtaja. Toimitusjohtajan apuna toiminnan johtamisessa on säätiön johtoryhmä.

Säätiön toimintaa koskevat hyvän hallinnon periaatteet sekä yleiset tehokkuus- ja taloudellisuusvaatimukset. Organisaatiomalli säätiönä mahdollistaa nopean päätöksenteon ja siten joustavan mukautumisen yhteiskunnan vaatimiin muutoksiin. Säätiöllä ei ole jäseniä, omistajia, osakkaita tai yhtiömiehiä toisin kuin muilla yksityisoikeudellisilla yhteisöillä.

Hallitus

YTHS:n hallitukselle kuuluu päätösvalta ja vastuu säätiön toiminnasta. Hallituksen tehtävä on johtaa ja kehittää säätiön toimintaa sekä huolehtia säätiön toiminnan ja talouden asianmukaisesta järjestämisestä.

Hallitukseen kuuluu vähintään kuusi ja enintään 12 jäsentä, jotka valitaan kahdeksi kalenterivuodeksi kerrallaan. Suomen ylioppilaskuntien liitto (SYL) ry:llä ja Suomen opiskelijakuntien liitto SAMOK ry:llä on kummallakin oikeus valita säätiön hallitukseen kaksi jäsentä. Ylioppilaiden terveydenhoitosäätiön henkilöstöllä on oikeus valita säätiön hallitukseen yksi jäsen. Näiden lisäksi valtuuskunta voi valita hallitukseen enintään viisi jäsentä.

Säätiön hallitus valitsee toimitusjohtajan ja johtavat toimihenkilöt. Toimitusjohtaja vastaa säätiön johtamisesta hallituksen antamien valtuuksien mukaan. Toimitusjohtaja toimii myös hallituksen kokouksissa asioiden esittelijänä.

Valtuuskunta

Valtuuskuntaan kuuluu vähintään 24 ja enintään 30 jäsentä.  Heidät valitaan kahdeksi kalenterivuodeksi kerrallaan.

Suomen ylioppilaskuntien liitto (SYL) ry nimeää yhdeksän edustajaa, joista seitsemän se nimeää säätiön toimipiiriin kuuluvien ylioppilaskuntien esityksistä. Suomen opiskelijakuntien liitto SAMOK ry nimeää yhdeksän edustajaa, joista seitsemän se nimeää ammattikorkeakoulujen opiskelijakuntien esityksistä. Opetus- ja kulttuuriministeriö, Terveyden ja hyvinvoinnin laitos, Suomen Kuntaliitto ry, Ylioppilaiden terveydenhoitosäätiön henkilöstö, Suomen yliopistojen rehtorineuvosto UNIFI ry ja Ammattikorkeakoulujen rehtorineuvosto Arene ry nimeävät kukin yhden edustajan valtuuskuntaan.

Valtuuskunta kokoontuu kahdesti vuodessa, kevätkokoukseen ja syyskokoukseen. Kevätkokouksessa esitellään mm. hallituksen toimintakertomus ja tilinpäätös. Syyskokouksessa esitellään talousarvio sekä toimintasuunnitelma, valitaan tarvittaessa valtuuskunnan puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja, sihteeri sekä tietyt jäsenet, ja valitaan tarvittaessa hallituksen puheenjohtaja, varapuheenjohtaja sekä muut hallituksen jäsenet. 

Palvelualueiden johtokunnat

YTHS toimii viidellä palvelualueella, joilla kullakin toimii hallituksen nimeämä johtokunta.

Alueen johtokuntaan kuuluu puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja sekä vähintään kuusi ja enintään kahdeksan muuta jäsentä. Johtokunnan tehtävänä on seurata alueen toimintaa ja toimintaympäristön muutoksia, terveyden edistämistä ja yhteisöterveystyötä. Johtokunta käsittelee alueeseen kuuluvien palvelupisteiden vähentämisen ja lisäyksen sekä muut sellaiset asiat, jotka vaikuttavat oleellisesti alueen toimintaan. Johtokunta tekee yhteistyötä alueen toimipiiriin kuuluvien yliopistojen, korkeakoulujen, ylioppilaskuntien, opiskelijakuntien, alueen julkisen terveydenhuollon ja muiden opiskelijan terveydenhuoltoon liittyvien tahojen kanssa.