YTHS:n toimielimiä ovat valtuuskunta, hallitus ja terveyspalveluyksiköiden (tpy) johtokunnat. Vastuu toiminnasta on hallituksella. Säätiön operatiivisesta johtamisesta vastaa toimitusjohtaja. Toimitusjohtajan apuna toiminnan johtamisessa on säätiön johtoryhmä.

Säätiön toimintaa koskevat hyvän hallinnon periaatteet sekä yleiset tehokkuus- ja taloudellisuusvaatimukset. Organisaatiomalli säätiönä mahdollistaa nopean päätöksenteon ja siten joustavan mukautumisen yhteiskunnan vaatimiin muutoksiin. Säätiöllä ei ole jäseniä, omistajia, osakkaita tai yhtiömiehiä toisin kuin muilla yksityisoikeudellisilla yhteisöillä.

Hallitus

YTHS:n hallitukselle kuuluu päätösvalta ja vastuu säätiön toiminnasta. Hallituksen tehtävä on johtaa ja kehittää säätiön toimintaa sekä huolehtia säätiön toiminnan ja talouden asianmukaisesta järjestämisestä.

Hallitukseen kuuluu vähintään kuusi ja enintään 12 jäsentä. Valtuuskunta valitsee säätiön hallitukseen yhden Kansaneläkelaitoksen, yhden Suomen Kuntaliiton ja yhden YTHS:n henkilöstön ehdottaman jäsenen sekä kolme Suomen ylioppilaskuntien liiton ehdottamaa jäsentä. Näiden lisäksi säätiön valtuuskunta voi valita hallitukseen enintään kuusi jäsentä. Hallitus kokoontuu noin kerran kuussa.

Säätiön hallitus valitsee toimitusjohtajan ja johtavat toimihenkilöt. Toimitusjohtaja vastaa säätiön johtamisesta hallituksen antamien valtuuksien mukaan. Toimitusjohtaja toimii myös hallituksen kokouksissa asioiden esittelijänä.

Valtuuskunta

Valtuuskuntaan kuuluu vähintään 24 ja enintään 30 jäsentä.  OKM, THL, Kela, Suomen Kuntaliitto sekä YTHS:n henkilöstö voivat kukin nimetä valtuuskuntaan yhden jäsenen. SYL voi nimetä 18 jäsentä. Valtuuskunnan jäsenet valitaan kahdeksi kalenterivuodeksi kerrallaan.

Valtuuskunta kokoontuu kahdesti vuodessa, kevätkokoukseen ja syyskokoukseen. Kevätkokouksessa esitellään mm. hallituksen toimintakertomus ja tilinpäätös. Syyskokouksessa esitellään talousarvio sekä toimintasuunnitelma, valitaan tarvittaessa valtuuskunnan puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja, sihteeri sekä tietyt jäsenet, ja valitaan tarvittaessa hallituksen puheenjohtaja, varapuheenjohtaja sekä muut hallituksen jäsenet. 

Terveyspalveluyksiköiden johtokunnat

YTHS:ssä on kymmenen terveyspalveluyksikön johtokuntaa. Paikalliset johtokunnat nimeää hallitus. Johtokuntien tiedot löydät palvelupisteiden sivulta.

Johtokunnan tehtävänä on seurata terveyspalveluyksikön toimintaa ja toimintaympäristön muutoksia, terveyden edistämistä ja yhteisöterveystyötä. Johtokunta käsittelee terveyspalveluyksikköön kuuluvien toimipisteiden vähentämisen ja lisäyksen sekä muut vastaavat asiat. Se tekee myös aktiivisesti yhteistyötä säätiön sidosryhmien kanssa.