
YTHS:n hallintoa ja toimintaa valvovat valtuuskunta ja valtuuskunnan valitsema hallitus.
Säätiön toimintaa koskevat hyvän hallinnon periaatteet sekä yleiset tehokkuus- ja taloudellisuusvaatimukset. Organisaatiomalli säätiönä mahdollistaa nopean päätöksenteon ja siten joustavan mukautumisen yhteiskunnan vaatimiin muutoksiin. Säätiöllä ei ole jäseniä, omistajia, osakkaita tai yhtiömiehiä toisin kuin muilla yksityisoikeudellisilla yhteisöillä.
YTHS on kansainvälisestikin ainutlaatuinen: vastaavaa opiskeluterveydenhuollon organisaatiota ei löydy muualta maailmasta. YTHS:n toimintaa rahoitetaan opiskelijoiden itsensä maksamilla terveydenhoitomaksuilla ja käyntimaksuilla (18,8 prosenttia rahoituksesta), Kansaneläkelaitoksen (Kela) maksamalla korvauksella (59,6 prosenttia rahoituksesta) ja yliopistokaupunkien maksamalla yleisavustuksella (11,5 prosenttia rahoituksesta). Vuokrakuluihin säätiö saa vuokra-avustusta valtion budjetin kautta Opetus- ja kulttuuriministeriöltä. Rahoitus toteutetaan vuosittain käyttöbudjetilla. YTHS:llä ei ole omia varoja lukuun ottamatta perustamispääomaa, joka on vain runsas 3 000 euroa.