
YTHS:n hallituksen nimeämä valtakunnallinen terveystyöryhmä on terveyden edistämisen asiantuntijaelin, joka suunnittelee ja koordinoi säätiön terveyden edistämistyötä. Se toimii säätiön eri sektorien ja ulkopuolisten, opiskelijoiden hyvinvointiin vaikuttavien tahojen yhteistyöfoorumina.
Jokaisessa YTHS:n toimipisteessä on nimetty eri sektorien yhteinen yhteisöterveyden vastuuhenkilö ja niissä toimii paikallinen terveystyöryhmä. Isoissa toimipisteissä on nimetty yhdyshenkilöt huolehtimaan yhteistyöstä tiedekuntien kanssa.
Opiskelijoiden terveyttä, hyvinvointia ja opiskelukykyä edistämään käynnistetyn Kehrä -hankkeen toiminta jatkuu vakiintuneina verkostoina sekä SYL:n johtamana Kyky-hankkeena.
Valtakunnalista toimintaa on ollut myös mm. päihdehaittojen ehkäisemiseksi, seksuaaliterveyspalvelujen parantamiseksi, suun terveyden, terveellisen ravitsemuksen ja painonhallinnan edistämiseksi.
Vuoden 2012 terveyden edistämisen teema oli päihde ja mieli sekä lisäksi edellisestä vuodesta liikunta.
Vuoden 2013 teemana on opiskeluterveys ja syrjäytymisen ehkäisy. Teema kokoaa piiriinsä meneillään olevat asiat: päihde & mieli, pelihaitat ja opiskeluympäristö.