
SHVS:s förvaltning och verksamhet övervakas av en delegation och en styrelse som utsetts av delegationen.
Stiftelsens verksamhet omfattas av goda förvaltningsprinciper och allmänna krav på effektivitet och ekonomi. Att organisationsmodellen är en stiftelse gör det möjligt att fatta snabba beslut och därmed smidigt anpassa sig till de förändringar som samhället kräver. Till skillnad från andra privaträätsliga samfund har stiftelsen inga medlemmar, ägare, delägare eller bolagsmän.
Även internationellt är SHVS unikt: motsvarande organisation för studerandehälsovård finns ingen annanstans i världen. SHVS:s verksamhet finansieras med hälsovårdavgifter som de studerande själva betalar samt med besöksavgifter, ersättning från Folkpensionanstalten (Fpa) och ett allmänt bidrag som universitetsstäderna betalar. För hyreskostnaderna får stiftelsen hyresbidrag från undervisningsministeriet via statsbudgeten. Finansieringen genomförs årligen med en driftsbudget. SHVS har inga egna medel med undantag för ett startkapital på bara drygt 3 000 euro.